郭康認為，對於教會來說，就有個關鍵問題：教會內的各種教義、規則，到底是目標，還是手段。
曾經，公教教會面對這個問題，思路是十分清晰的，知道這些具體措施都是為了更高的目的。然而到了後來，他們卻好像集體出了問題一樣。
如果只是黨爭，反而好解釋，但教會幾百年間在東亞的表現，都一直處於智力沒上線的狀態。
如果說教士們是因為對不同文明的傲慢，那就沒法解釋在其他地方的表現了。當年在南美洲，教會反而不是這樣。
西班牙的教士常年致力於反對迫害美洲土著，要求禁止屠殺、虐待的行為，甚至反對強迫土著人改宗。在道明會修士們的推動下，137年，教宗頒佈通諭，正式確認印第安是“理性人”，宣佈他們有自由和財產權，也有皈依教會的權力，應當以和平的方式向他們進行宣講。
在此基礎上，教士們繼續在世俗政權中活動，試圖阻止殖民者對於當地人的剝削和奴役。在他們的推動下，10年，查理五世下令停止西班牙人在美洲的進一步軍事擴張，同時組織教士和學者進行辯論，探討征服的合法性。辯論在巴利亞多利德大學舉行，因此也被以這個名稱命名。
巴利亞多利德辯論是歐洲歷史上，第一次關於土著人權利和待遇的討論，也是少有的國家層面的理論探討。
一些教士認為，儘管印第安人存在一些野蠻習俗，但那是因為他們社會所處的文明階段不同，這些人依舊是自然秩序中的自由人，法律地位不應比歐洲殖民者低下，沒有理由受到他們的征服和嚴酷管制。這些理論受到君主主義者的支援，獲得了很多擁護者。
但當時，一批新興的人文主義者則對此持反對意見。他們認為印第安人有大量反自然的罪行，是不可接受的，應該透過包括戰爭在內，任何可能的手段加以制止。同時，這些人的行徑也證明他們無法管理自己，所以需要殖民者來進行統治。這一派的觀點則得到了殖民者的支援，與前者針鋒相對。
雙方最後誰也沒說服誰，但教會的傾向十分明顯，並且對社會造成了影響。16年開始，國王就下達敕令，嚴格控制關於美洲的作品出版，禁止國內討論征服的正義性問題。一些教士的筆記被專門下令封存，也禁止他們編纂新的書籍，造成社會上的思想動盪。
此外，國王甚至想了個辦法，頒佈了新法令，宣佈今後不準再用“征服”這個詞了，雙方都得拿“和解”代替。只是這種改敏感詞的行為，還是沒能控制住社會上的輿論洶湧。
最後，173年，國王乾脆下達命令，禁止進一步的征服。雖然這種命令也管不住大西洋對岸，但鬧到這種程度，已經說明事情有多離譜了。實際上，哪怕在美洲兇名赫赫的征服者首領，都有人和後方支援殖民的學者通訊，希望獲得他們的理論支援，來堅定信心。
殺人搶錢的事，居然還能引發道德譴責，甚至讓殖民者自己都迷茫了，開始反思是不是哪裡出了問題，需要進行辯經來梳理。這在後來的一些殖民國看來，可能都會覺得不可思議吧。
而更晚興起的耶穌會，在這方面比他們還激進。發現透過遊說上層無助於解決問題之後，一些神父甚至跑進林子裡，開始帶著土著人和殖民者作戰。最後，有的殖民地乾脆宣佈所有耶穌會成員都是不受歡迎的人，免得他們整天製造麻煩。
但是，在東亞，這種情況卻從來沒有出現過。上百年的時間裡，教會都處於一種想去找他參與反殖民運動的案例，都找不到的狀態。
甚至，非要說清朝是個異教國家，不配幫忙，也可以，那你去參與反清也行啊——結果，這方面一樣也找不到。
而且，這種情況不止出現在中原，東亞其他國家也是如此，甚至表現得更直白。法國與越