神農決意讓這兩名青年領袖同赴陳都，仔細考核之後做出決定。當日，人皇聖旨傳遍有熊部和九黎部。
不久，軒轅與蚩尤迅速來到陳都。神農望著二人，開口吩咐：
\"從現在起，你們兩位跟我共同執掌人族事物，百年之後我將選定新的共主人選。”
\"我們謹遵共主體察。\"他們同時恭敬行禮，然後彼此交換了深思的眼神。
歲月飛逝，經過百年觀察，神農對兩人都有了深刻的理解。
蚩尤力大無窮，英勇決斷，征服各方無往不勝。他用法度統治，境內百姓從未有過作奸犯科之事，人們皆因他的力量折服。
相反，軒轅溫和謙和，以德化人，懷柔治下，以仁愛面對他人，部下深受愛護，人族內外皆有人擁戴他。他的德性讓人折服。
經過深思熟慮，神農決定將人族共主的位置傳給軒轅。
此時的神農已年至暮年，他的權威正在逐步被部族中的矛盾所削弱。他一生以剛直對待萬族，對人族則飽含憐憫，不想看見人族再次陷入征戰。
但眾生的本性難免衝突，沒有外患則內部矛盾滋生。人族的威嚴籠罩洪荒許久，新生的一代人早已遺忘祖祖輩輩是如何披荊斬棘、爭取到人族世界主導者的地位。
神農明白這個問題非無解，他不希望人族內亂導致族群 。但他明白，改變這樣的局面不能靠強壓，只能依靠教育與共融。
所以，第三位人皇定是在戰亂廝殺中尋求真理與超凡之道的。
如果由蚩尤登基，他必然會出兵懲治那些不忠之人；而若由軒轅繼承王位，則傾向於用仁德影響教化他們。
神農打算推舉軒轅為人族共同領袖的資訊傳開，當即引發了極大的紛擾和波瀾。
此時的人類社會分化成三大陣營：支援蚩尤者仰賴其力量，崇拜強者；支援軒轅的人因其德性崇髙，期待在他統治下會是繁榮安定的時代；還有一些小部分部落暗存野心，蠢蠢欲動，期盼神農迴歸後能自主 。
目前神農健在，眾人不敢輕舉妄動，軒轅就是在這樣的形勢下登基，成為了人族的新領導者。
這一日在陳都，典禮主持人主持著軒轅的登基盛典。臺上的神農如老農一般樸素沉穩，身旁的軒轅則是英挺不凡。觀眾們莊重地注視他們兩人。
神農望向下方群眾，微微嘆氣。他所期望的，是所有人都保持安寧，不復戰亂，希望蚩尤能夠守規矩。
當天，歷經各方思緒各異，完成了軒轅登基的人族共主儀式。神農與烈山氏等人回到聖地，奠定了新王朝的基礎。
儘管在各部落心中揣測紛飛之際，完成了軒轅的即位儀式。他的繼任者象徵著一個新紀元，官員的封號以雲端色彩取名：春官為青雲，夏官為縉雲（赤雲），秋官為白雲，冬官為墨雲（或為黑龍雲）， 官員稱作黃雲。他組建起以“雲師”命名的軍隊，委任風后、力牧、常先、大鴻等人管理民眾，贏得了民眾的信任和遵循。
在即位後的第三年，鳳翼部落起反，發起戰爭吞併周邊。軒轅聞訊震怒，發正義之師平息反叛，迅速平定了鳳翼。隨後又過了七年，蒼嶺部落挑釁，進犯至陳都，試圖一役定天下。但未能攻破軒轅的防線，在蒼山外被擊潰。
十年之後，青鳥部族自立門庭，不受軒轅管轄。於是，軒轅率領“雲師”大軍對青鳥部族施壓。該部落的圖騰——青鳥已是大羅境巔峰，卻被只有大羅中期實力的軒轅一舉斬首，自此結束了青鳥的挑戰。
百年來，在諸多部落叛亂和兼併下，整個世界動盪不安，儘管身負重任，軒轅仍然力有未逮。有些曾臣服的部落在四周壓力下被迫反擊，形勢更為混亂複雜。
百年前默默於北荒的蚩尤，在這個關鍵時節點