面對“靈影文明”帶來的潛在威脅，聯邦科研團隊日夜攻堅，試圖解析那神秘能量訊號的本質。在對“靈影文明”僅存的一些歷史殘片與科技遺蹟研究中，他們發現了一種名為“靈子”的微觀粒子，這種粒子與那奇特能量訊號緊密相連，似乎是其傳播與作用的關鍵媒介。
聯邦科學家們推測，“靈影文明”或許透過特殊的“靈子陣列”技術，構建起了一個能夠跨越星系影響其他文明的意識與能量操控網路。若要破解此困境，就必須開發出能夠干擾“靈子”作用或者阻斷“靈子陣列”傳播路徑的技術。於是，一項名為“靈盾計劃”的科研專案應運而生。
在“靈盾計劃”的推進過程中，科學家們嘗試了無數種方法。從利用超強磁場干擾“靈子”的自旋特性，到研發特殊的量子波頻裝置，試圖與“靈子”產生共振抵消其能量。然而，每一種方案在實踐過程中都遭遇了重重困難。例如，超強磁場雖然能在一定程度上影響“靈子”，但所需的能量巨大，且會對周邊的飛船裝置和生物產生嚴重的副作用；量子波頻裝置則難以精準匹配“靈子”那複雜多變的頻率，常常在關鍵時刻失效。
與此同時，聯邦的軍事戰略家們也沒閒著。他們深知在技術突破尚未完成之前，必須制定出有效的應對戰術。於是，一種全新的“遊擊式防禦戰略”被提出。此戰略不再依賴於傳統的固定防線與大規模正面交鋒，而是利用聯邦在空間摺疊技術與生物能機甲機動性上的優勢，對可能受到“靈影文明”威脅的區域進行分散式巡邏與快速支援。
在一次模擬演練中，聯邦艦隊按照“遊擊式防禦戰略”進行部署。當模擬的“靈影文明”能量攻擊來襲時，艦隊迅速分散成多個小隊，利用空間摺疊技術在星系間快速穿梭，避開能量攻擊的核心區域，並從多個角度對“攻擊者”進行反擊。生物能機甲則在關鍵節點處進行防禦與牽制，成功地將損失降到了最低限度，驗證了該戰略的可行性。
然而，隨著研究的深入，聯邦發現“靈影文明”的威脅遠不止於此神秘能量訊號。在對一處新發現的“靈影文明”遺蹟探索時，他們發現了一種能夠自我複製與進化的機械生命體——“靈械蟲”。這些“靈械蟲”身形微小，但卻擁有極強的適應能力與攻擊性。它們可以在宇宙環境中自行汲取能量，透過量子訊號進行群體協作，一旦發現目標，便會如潮水般湧去，迅速吞噬並解析目標的科技與生物資訊，將其轉化為自身進化的養分。
“靈械蟲”的出現給聯邦帶來了新的恐慌。在一次意外的遭遇戰中，一艘聯邦科考船在未知星系中被“靈械蟲”群包圍。儘管船員們奮力抵抗，利用船上的防禦系統和生物能武器消滅了大量“靈械蟲”，但仍有部分“靈械蟲”突破防線，開始侵蝕科考船的關鍵系統。在緊急時刻，科考船船長果斷下令啟動自毀程式，在一片絢爛的爆炸中，與“靈械蟲”同歸於盡，才避免了科技資訊的洩露與“靈械蟲”的擴散。
聯邦政府意識到，必須在“靈械蟲”尚未大規模擴散之前，找到徹底消滅它們的方法。於是，“靈械蟲剋星計劃”緊急啟動。科學家們從生物能的特性入手，發現了一種特殊的生物能頻率能夠干擾“靈械蟲”的量子訊號連線，使其陷入混亂。基於此，他們研發出了“生物能脈衝波發生器”，這種裝置能夠發射出特定頻率的生物能脈衝波，在一定範圍內有效癱瘓“靈械蟲”的行動能力。
在一場針對“靈械蟲”的圍剿行動中，聯邦艦隊與機甲部隊協同作戰。艦隊首先利用空間摺疊技術將部隊投送到“靈械蟲”聚集區的周邊，然後機甲部隊攜帶“生物能脈衝波發生器”衝鋒在前，釋放出強大的生物能脈衝波。“靈械蟲”群在脈衝波的攻擊下，瞬間陷入混亂，行動變得遲緩。此時，艦隊的火力系統全面開火，將一片片“靈械蟲”群徹底消滅。