不過，藉著這次大案，明朝終於開始轉變思路，不再繼續折騰漁民，而是試圖打擊爪哇元在中上階層的支持者，同時開始籌建水師，準備在海上消滅敵人。
水師是十分燒錢的，而且是持續地燒錢。陸軍不用時，可以屯田種地，但船就算丟那兒不用，都得頻繁花錢維護。
而且，一艘船往往起不到什麼作用，至少得讓自己水師的規模和敵人差距不太大，才會產生價值。一次的投入，不是一條戰船，而是一整個船隊。
所以，中原王朝對此往往熱情都不高。
擴建水師往往只在兩種情況下可行：要麼，敵人造成的損失太大，已經遠超水師的高昂費用。要麼，就是水師帶來的收益很高，讓這些成本可以忍受。
明朝是被迫接受了前者。但當水師建立起來，並且因為戰爭，需要長期維持的時候，追求後者，以降低財政壓力，就變得理所當然了。
實際上，遠洋商路不僅對紫帳重要，對任何一個國家，都是巨大的財源。明朝雖然是各種精工商品的原產地，看起來十分富饒，但這麼一大筆稅收，對他們來說也不是個小數字。這些利益，吃不到的時候覺得無所謂，一旦體驗了兩回，就不想放手了。
第二輪戰爭主要在海上進行，雖然規模不如上一次，但涉及的範圍更大。爪哇元和明朝的水師，從琉球打到滿剌加，整個南洋都變成了戰場。
明朝一度在滿剌加築城駐軍，試圖卡住海峽，切斷爪哇元的貿易通道，困死他們。爪哇元則一邊繞向南方，尋找新航線，一邊與帖木兒帝國結盟，打跑了明軍，奪回據點。而幾年之後，明軍又從交趾乘船南下，試圖再次爭奪貿易線……
零零散散的戰鬥，一直持續到朱元璋去世，才告一段落。然而消停了沒幾年，繼任的天平皇帝朱標又發動了新的戰爭，試圖從呂宋島下手，雙方再次打成一鍋粥。嚴格來說，這一輪一直持續到現在，都沒算結束。
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