接收末日陰影要塞後，浮空基地在低空來回穿梭數次，就將2號基地的大部分裝置和物資全都搬了過來。人員一到，楚君歸就著手開始修葺要塞。
末日陰影要塞在最後一次改建時預留了足夠的擴充套件空間，主要就體現在地下區域為能源模組預留了大量空間。
楚君歸在海盜旗的兩個基地上搶到了好幾個聚變能源模組，不過他沒有急著使用，而是從浮空基地上拆下一臺晶體動力爐，安放在能源模組區域，為整個基地恢復了電力供應。
現在楚君歸手下人手充足，所以他分出一千多人去清理要塞內外的戰獸屍體。槍騎兵的處理模式是將戰獸屍體扔到要塞外，集中堆放，然後再用高溫火焰焚化。但在試驗體眼中，這些都是寶貴的材料，不能浪費。所有戰獸屍體都被收集到低溫倉庫存放，就連已經乾涸的大塊血汙也被剷下來收藏。
要塞裡還留下不少建築材料，原本是準備擴建要塞用的，現在已經用不著了，也帶不走，同時還不好銷燬，於是就直接扔下，倒是便宜了楚君歸。
這些建材都是標準模組。從那些需要修理的建築上把破損的模組拆下來，再裝上新的模組，幾下就能將一處大缺口補好。
普通的建築模組需要手工安裝擰緊連線和加韌體，還有一批應急模組，只要往預定位置一放一推，就能自行固定。這種模組專門用來快速修理受損的城防工事，以最快速度恢復防禦。
除了一些建築模組，楚君歸就沒再找到什麼有用的東西了。在臨走的時候，槍騎兵甚至把氧氣都排空了。
不過好在要塞的居住區還完好無損，至少能讓所有人都住得舒服點，不用像在2號基地那樣大部分時間穿著戰甲睡覺。
初步清理完要塞，楚君歸將一些武器站從浮空基地上拆下來，安放到要塞的裝甲炮塔裡。這些武器站暫時沒有連線主腦，所以楚君歸安排了一些戰士駐守炮塔。
接下來就是把搶來的寒武紀安裝在指揮大廳，以替換掉被徹底摧毀的那臺。這項工作頗耗損時間，寒武紀的搬運和安裝都很繁瑣，指揮大樓還被楚君歸自己給炸了個一塌糊塗，更是增加難度。
就這樣整整忙了一天，才算讓寒武紀初步運轉，整個要塞也恢復了運作。
寒武紀剛剛能用，楚君歸就收到了一條情報，在距離要塞200公里之外，一支新的獸潮正在集結。
楚君歸還不太會用寒武紀，不過根據過往經驗看，進攻陰影要塞的至少都是雙A級的獸潮。
探明獸潮集結地，從海盜旗基地抄來的一批對地導彈就有了用處。這種導彈都自帶簡易發射裝置，楚君歸在要塞外將它們一字排開，輸入座標後，導彈一枚枚陸續升空，飛向遠方。
隨後楚君歸加快了面對獸潮方向的防禦建設，特別佈置了額外的武器站，並且把所有繳獲的針和傘式防禦系統全都佈置在這一方向。
果然，就在楚君歸將將佈置完防禦系統時，天際出現了一片密密麻麻的熟悉小黑點。獸潮現在似乎越來越喜歡使用活體導彈了。
為防萬一，楚君歸先是發射了一批傘式防空系統，再用狙擊式武器站作為最後一道攔截。
上百枚活體導彈大部分撞毀在傘式防空系統上，只有十幾枚穿透了防禦系統。城牆和裝甲炮塔內的武器站迅速調整方向，幾乎同時開火，瞬間就將穿透系統的活體導彈全部點爆。
活體導彈在不斷進化，但是聯邦這邊也沒閒著，最新一批傘和針式系統全都經過深度改進，反應更快，攔截更有效，甚至還新增了專門針對戰獸的神經毒質。
試過遙控武器站依然能有效攔截活體導彈後，試驗體就放了心。等到第二波活體導彈來襲，他就只發射了相當於第一次三分之一的傘式導彈，攔截了一小半活體導彈，