在成功擊退暗淵族之後，聯邦看似迎來了一段相對穩定的發展時期，但實際上，在科技與文化的進一步發展程序中，仍面臨著諸多棘手的困難。
在科技研發方面，儘管之前取得了生物能與機甲結合的初步成果，但要實現完全成熟且穩定的機甲智慧化與生物能深度融合，依舊障礙重重。生物能的採集與儲存技術難以滿足大規模機甲量產的需求，特殊的生物細胞培養環境極為苛刻，且培養週期漫長，這使得生物能的供應成為了限制機甲發展的瓶頸。此外，生物能與量子能在複雜環境下的協同運作機制尚未完全明晰，一旦遭遇高強度戰鬥或特殊宇宙現象的干擾，機甲的能量系統極易出現失衡甚至崩潰，給駕駛員帶來巨大的生命危險。
聯邦試圖開發一種新型的能量穩定器，以解決這一問題。科學家們經過無數次的實驗和模擬，提出了一種基於多元能量場共振原理的設計方案。然而，在實際製造過程中，卻發現所需的關鍵材料在宇宙中極其稀有，且分佈極為分散，難以獲取足夠的數量來進行大規模生產。這導致能量穩定器的研發進度緩慢，機甲技術的整體升級也因此受到了嚴重的拖累。
在探索更高階的宇宙航行技術時，聯邦遭遇了空間摺疊理論應用的困境。雖然理論上空間摺疊能夠實現超遠距離的瞬間躍遷，極大地縮短宇宙航行時間，但在實際操作中，精確的空間座標定位和巨大的能量消耗成為了難以逾越的難關。每次進行空間摺疊實驗，都需要耗費聯邦大量的能源儲備，且由於空間座標的微小偏差，實驗飛船往往會偏離預定目標，甚至陷入未知的空間亂流之中，面臨著船毀人亡的危險。這使得空間摺疊技術始終停留在實驗室階段，無法真正應用於實際的宇宙航行和軍事戰略部署。
在文化傳承與發展方面，儘管林羽、艾麗等英雄的事蹟廣泛傳播，但隨著時間的推移，一些負面現象也逐漸浮現。部分商業利益集團為了追求經濟利益，開始對英雄事蹟進行過度商業化包裝和歪曲解讀。他們製作的一些文化作品為了迎合市場低俗趣味，將英雄形象惡搞或進行不恰當的情感渲染，嚴重損害了英雄形象在民眾心中的神聖性和莊嚴感。這引發了社會各界對於英雄文化傳承真實性和純潔性的激烈爭論，導致民眾在英雄文化認知上出現了混亂和分歧。
同時，隨著聯邦與眾多外星文明的交流日益頻繁，文化衝突問題也日益凸顯。不同文明之間的價值觀、道德觀、宗教信仰和社會習俗存在著巨大差異，這些差異在文化交流和融合過程中引發了大量的矛盾和誤解。例如，某些宗教信仰強烈的文明對於聯邦文化作品中一些涉及科學探索和人類自由意志表達的內容視為褻瀆神靈，堅決抵制；而聯邦內部一些民眾也對某些外星文明的特殊習俗，如身體改造、多配偶制等難以接受，甚至產生了排外情緒。這些文化衝突不僅影響了聯邦與外星文明之間的友好合作關係，也在聯邦內部社會造成了文化分裂和社會動盪的隱患。
為了解決科技研發中的材料短缺問題，聯邦啟動了一項大規模的宇宙資源勘探計劃。他們組織了多支專業的勘探隊伍，配備最先進的探測裝置，深入宇宙各個角落尋找所需的關鍵材料。這一過程充滿了艱辛和危險，勘探隊員們不僅要面對宇宙中的各種惡劣環境，如超強輻射區域、隕石帶撞擊風險、外星生物的威脅等，還要應對來自其他勢力對於資源爭奪的挑戰。在一次資源豐富的小行星帶勘探行動中，聯邦勘探隊就遭遇了宇宙海盜的襲擊。這些宇宙海盜駕駛著改裝後的強大戰艦，利用小行星帶複雜的地形進行伏擊。聯邦勘探隊在戰鬥中損失慘重，多艘勘探飛船被摧毀，許多隊員英勇犧牲。但他們最終憑藉著頑強的意志和出色的戰鬥技巧，成功擊退了海盜，獲取了一部分珍貴的資源樣本。
在應對文化衝突方面，聯邦成立了專門的跨文化交流