尚書省統管六部，其長官尚書令權責極大，為示恩寵，周瑜特將此職位封給了一直為其出謀劃策立下大功的賈詡，尚書令的副手是左右僕射，分別由陳宮和諸葛瑾擔任。
僕射之下有左右丞、左右司郎中、員外郎、負責都省職事，這些重要的職位，周瑜都一一親自選定人員，以老帶新，充分考慮了人員的繼承性，確保職位不會出現空缺。
尚書省下設有的六部，分別為：吏部，負責考核、任免四品以下官員。戶部，負責財政、國庫。禮部，負責貢舉、祭祀、典禮。兵部，負責軍事。刑部，負責司法、審計事務。具體審判另有大理寺負責，重大案件組織刑部、御史臺、大理寺會審，謂三司審。工部，負責工程建設。
可以說，吏戶禮兵刑工這六部，是統治管理全國的實打實的核心部門！這六部的負責人，官職稱尚書，副職稱為侍郎。周瑜為了這六部的負責人選，可謂是花費了很多精力！
前期一直支援周瑜霸業的江東世家大族，肯定是不能不予考慮，當擇其才高者上位。平定中原之後歸附的人才，出於安定人心以及朝政平衡的考慮，也必須選出合適人選擔當六部之要職。這些年月，經過藏書院的培養、在荊揚一帶管理地方的青年官員，也有表現優異的，當提拔至朝廷予以重用。
吏戶禮兵刑工六部每部的長官為尚書，副長官為侍郎，周瑜最終確定的六部主要官員如下：吏部尚書：張昭，吏部侍郎：諸葛亮戶部尚書：呂範，戶部侍郎：步鷲禮部尚書：陳群，禮部侍郎：蔣琬
兵部尚書：甘寧，兵部侍郎：高順
刑部尚書：法正，刑部侍郎：袁渙
工部尚書：劉曄，工部侍郎：費禕
三省六部架構及主官人選一定，則朝廷中樞的官制格局便已確定，在運轉了三個月之後，中央官制終於理順，周瑜隨即開始了地方官制的變革。
那就是行省制。
在真實的歷史上，行省制是在元代早期開始的，由元世祖忽必烈創立並推行。
周瑜知道，元代的行省制度是秦以來郡縣制的一大發展，它有利於統一的多民族國家的鞏固，對明清以及後來政治制度有深遠影響，行省從此成為華夏大地的地方行政機構，一直保留至後世。在統一的多民族國家裡，各民族的接觸和聯絡進一步加強，出現了華夏歷史上又一次民族融合的局面。
按照元代的行省制度，各行省&ldo;掌國庶務，統郡縣，鎮邊鄙，與都省為表裡，……凡錢糧、兵甲、屯種、漕運，軍國重事，無不領之&rdo;，這是中央朝政與地方行政的一種分權，從制度層面而言，元代行省轄區廣闊，權力集中，地方軍、政、財權無所不統。行省的權力可謂極大。
周瑜深知，在目前的形勢下，完全照搬後世的行省制度，會帶來較大的弊端，自漢末以來，群雄並起，根源之一便是州牧制度，讓州牧擁有了其統治區域的大權，便有了爭霸天下的野心。
這一點，是必須要避免的。
按照周瑜的設想，行省制的設立，從範圍上來講，要把原先的天下十三州劃分為地域更小的幾十個行省，即行省的長官可以管理的區域不超過原先的3～4個郡。從職權上來講，行省的長官僅僅負責區域內的行政事務，所收稅賦全部上繳，朝廷再根據各行省情況下撥款項，以維持行政機構的運轉。而軍事權力，則是必須牢牢抓在朝廷手中的，各行省的駐軍，除了守備城郭的普通士卒之外，均由兵部統一管理和排程，行省長官欲呼叫軍隊，須得兵部同意方可。
如此一來，中央集權的威力便大增，而這在大華帝國創立的早期，是必須要這樣做的。
靖康六年二月，周瑜下旨，改地方官制為&ldo;行省制&rdo;！